Shannen ottenne il suo primo ruolo importante nel 1982, quando venne ingaggiata per interpretare Jenny Wilder nello sceneggiato La casa nella prateria. Dopo essere apparsa come guest star in molte fiction, negli anni ottanta, tra le quali Magnum, P.I., 21 Jump Street e Airwolf, dal 1986 al 1988 interpretò il ruolo di Kris Witherspoon nella serie Vita col nonno.

Aveva origini irlandesi. Nel 1982, dopo essere apparsa nel film di Ron Howard Night Shift – Turno di notte, prestò la voce a Teresa nel cartone animato Brisby e il segreto di NIMH. Nel 1985 ottenne un ruolo secondario nella commedia Girls Just Want to Have Fun insieme a Sarah Jessica Parker. Nel 1989 partecipò al film Schegge di follia, con Winona Ryder. L’attrice riscosse i suoi maggiori successi grazie al produttore televisivo Aaron Spelling. Dopo avere interpretato Brenda Walsh nella serie TV Beverly Hills 90210, Shannen impersonò Prue Halliwell nella serie TV Streghe. La Doherty si presentò al provino insieme con Holly Marie Combs, sperando di ottenere il ruolo di Piper, ma alla fine l’esito fu inverso. Nel 2001 lasciò la serie, dopo tre stagioni.

Morta a Malibù il 13 luglio 2024